Le Pôle-relais lagunes méditerranéennes est associé à différents projets liés à la gestion des zones humides littorales, aux suivis engagés sur ces milieux, à la recherche en milieu lagunaire, etc.
En 2007, son action aux côtés de partenaires multiples en Languedoc-Roussillon lui a permis de faire émerger le projet LIFE+LAG'Nature aujourd'hui porté par le CEN L-R.
En 2010, en collaboration avec le laboratoire ECOSYM de l'université de Montpellier II, il devient partenaire du projet de recherche GELAMED (Etude du plancton gélatineux sur la façade méditerranéenne 2010-2012) intégré au programme LITEAU III.
En 2012, le Pôle lagunes prévoit d'initier une plateforme recherche/gestion pour répondre à la demande formulée par ses partenaires lors de son dernier comité d'orientation.
En 2012 également, le Pôle lagunes anime un projet visant à fournir un état des lieux des connaissances à l’échelle de la façade méditerranéenne de l'habitat d'intérêt communautaire prioritaire 1150 *Lagunes côtières et d'utiliser l'expérience locale pour alimenter le travail d’élaboration d’une méthode d'évaluation de l'état de conservation à l’échelle du site Natura 2000 mené par le MNHN.
Enfin, cette année 2012 voit le démarrage du projet Feder 'Renforcer le Pôle-relais lagunes méditerranéennes en PACA' 2012-2014.
Vous pouvez découvrir ces projets ci-dessous.