En 2001, suite aux conclusions du premier Plan National d’Action en faveur des Zones Humides (PNAZH), 6 Pôles-relais ont été créés afin de susciter et d’accompagner les initiatives locales de gestion durable de zones humides.
Aujourd'hui, suite à la création en 2008 d’un nouveau Pôle-relais regroupant les thématiques « mares », « zones humides intérieures » et « vallées alluviales », 4 Pôles-relais œuvrent en France métropolitaine. Leurs actions sont coordonnées au niveau national par l'Onema .
En avril 2012, le Conservatoire du littoral a annoncé la création d’un 5e Pôle-relais Zones Humides pour : le Pôle-relais mangroves et zones humides d'Outre-mer.
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