Les lagunes ont un fonctionnement complexe et sont particulièrement exposées aux pressions et aux pollutions. Elles sont en effet le réceptacle des pollutions produites par les activités dans leurs bassins versants issus de l’industrie, de l’agriculture et des zones urbaines. Leur salinité peut également être perturbée par des apports non naturels d’eau douce. Enfin, les échanges d’eau entre lagunes et mer, indispensables pour un bon fonctionnement de l’écosystème, sont souvent altérés par les activités humaines.

L’évaluation de l’état des masses d’eau de transition (dont les lagunes font partie) est définie par la Directive Cadre sur l’Eau (DCE 2000/60/CE du 23 octobre 2000, transposée en droit français par la loi n°2004-338 du 21 avril 2004). L’état de la masse d’eau est la combinaison de son état écologique et de son état chimique. L’état écologique est évalué sur la base d’éléments de qualité biologique et de paramètres hydro-morphologiques et physico-chimiques.

Les lagunes les plus marinisées sont suivies par Ifremer depuis 2006, les plus dessalées sont suivies par la Tour du Valat depuis 2015. Le programme de surveillance demandé par la DCE permet de suivre l’évolution de l’état des masses d’eau et les effets de la mise en oeuvre des actions de reconquête du bon état. Compte tenu des enjeux spécifiques aux lagunes – plus de 85 % n’étant pas en bon état – un effort de surveillance important est engagé sur ces milieux. Les résultats de ce suivi coordonné par l’agence de l’eau RMC sont disponibles sur le portail Medtrix.

Un travail cartographique est en cours à l’agence de l’eau RMC, afin de présenter par masse d’eau, les résultats du suivi DCE. (à venir début 2021).

En 2016, 86% des lagunes n’avaient pas atteint le bon état (écologique et chimique) requis par la DCE.

 

Etat écologique et chimique des masses d’eau lagunaires des bassins Rhône Méditerranée et Corse
(SDAGE 2016-2021)

Les connaissances sur le fonctionnement de ces milieux et sur les pressions qui les affectent s’améliorent ; les flux de polluants ont été globalement réduits mais restent élevés. Il est aujourd’hui nécessaire de poursuivre les efforts pour progresser  encore dans  la  connaissance  de  leur  fonctionnement  et  identifier  des  leviers  efficaces  de  restauration et notamment de réduction des polluants trophiques et toxiques.

Le rapport 2018 de l’état des eaux en Rhône Méditerranée Corse indique que la pollution domestique a été divisée par 20 en 25 ans. En 2017, plus de la moitié des rivières et 82% des eaux souterraines du bassin Rhône Méditerranée sont en bon état. Cela monte à 86% des rivières et 100% des eaux souterraines en Corse.

Selon l’état des lieux 2019 du bassin Rhône Méditerranée, pour les 27 masses d’eau de transition (24 lagunes du bassin RM + 3 MR du Rhône) suivies :

État écologique : En 2019, 22 % des masses d’eau sont en bon ou très bon état écologique. Compte tenu du faible nombre de masses d’eau (27), les résultats en pourcentage sont à examiner avec vigilance. Des améliorations sont à noter au sein des éléments de qualité qui composent l’état écologique. Pour autant, les eaux de transition restent des milieux impactés par les nombreuses pressions qu’ils subissent.

État chimique : 100% des masses d’eau présentent un bon état chimique en 2019. Ce résultat ne reflète pas forcément une baisse du niveau de contamination des eaux de transition mais également le caractère fluctuant des concentrations dans le milieu.

L’agence de l’eau RMC a organisé en 2016, 2018 et 2020 des journées techniques à destination des acteurs gestionnaires et services de l’Etat, afin de restituer les projets conduits à la fois pour mieux comprendre le fonctionnement des lagunes et identifier les leviers prioritaires pour mettre en œuvre leur restauration (cf. section Pour aller plus loin ci-dessous).

En savoir plus :

–> Voir toutes les actualités sur le suivi des milieux lagunaires : portails d’information, résultats du suivi, etc