Expérimentation pour caractériser l’état écologique des marais méditerranéens

Prototype de boîte à outils de bioindicateurs microbiens et trophiques en zone côtière

Face au changement climatique, menaçant l’équilibre des milieux aquatique côtiers, il est de plus en plus nécessaire de disposer d’outils de diagnostic pour évaluer l’état du fonctionnement écologique de ces milieux. Ces boites à outils spécifiques, que le projet BIOMIC vise à renforcer sur le compartiment microbien des sédiments et le fonctionnement trophique de la masse d’eau, apporteront une aide pour la prise de décision dans la protection et la gestion des zones côtières et de la préservation de leur biodiversité.

Rappel du cadre du projet…

BIOMIC a été sélectionné dans le cadre de l’appel à projets Interreg SUDOE IV (cofinancé par le Fonds européen de développement régional – FEDER) et son axe « recherche et innovation ». Parmi ses différents objectifs, cet appel à projet vise à l’échelle de l’espace SUDOE (France, Espagne et Portugal) à favoriser la mise en place de démarche de recherche appliquée en réponse aux besoins de développement du territoire en termes de protection de l’environnement.

Cette démarche doit s’appuyer sur le renforcement de plateforme de collaboration de recherche mais aussi sur la création de passerelles avec et entre les acteurs des territoires en charge de la mise en application des outils développés (logique de transfert de technologie).

L’indicateur trophique : un exemple de co-construction « chercheurs, gestionnaires, institutions »

« Par leur richesse en habitats et en espèces, les zones côtières, et en particulier les zones humides (qui s’étendent sur plus de 250 000 ha du littoral atlantique français de l’espace SUDOE, qui représentent 50 % des zones humides espagnoles, ou encore presque 2% du territoire portugais), sont des espaces à forts enjeux écologiques. A ce titre, les Etats européens se sont engagés à mettre en œuvre de nombreux dispositifs visant leur préservation : Plan de préservation des zones humides, Natura 2000, DCE… Ces zones offrent un support d’activités (agriculture, aquaculture, pêche, zones portuaires …) et un cadre de vie de qualité (tourisme…) qui leur confèrent des enjeux économiques et sociaux très sensibles rentrant souvent en interaction avec la dimension patrimoniale.

Afin de définir et d’élaborer les stratégies de gestion et de préservation de ces territoires et de la biodiversité, l’utilisation d’outils permettant d’identifier les bons leviers d’intervention et d’évaluer l’efficacité ou l’incidence des politiques d’actions est essentielle. En outre, le changement climatique va profondément modifier les équilibres et les choix de gestion sur ces territoires. Ce phénomène majeur accentue le besoin de disposer d’outils écosystémiques d’aide à la décision.

Au regard de ces constats, un « indicateur trophique » adapté au compartiment aquatique (colonne d’eau) des zones humides rétro-littorales a été développé sur l’arc atlantique français où il est en cours de déploiement par les institutions en charge de la politique de l’eau (Agence de bassin Loire Bretagne et Adour Garonne) sur les milieux doux à saumâtres.

Dans un souci d’apporter une réponse opérationnelle aux besoins du territoire, la méthode de co-construction utilisée pour cet outil a réuni trois collèges de partenaires :

Un collège d’universitaires en charge du développement scientifique,
Un collège de gestionnaires de sites ateliers garantissant le caractère opérationnel de l’outil et une bonne représentativité territoriale
Un collège d’institutionnels assurant la coordination de la démarche et un déploiement progressif à plus large échelle sur les différents champs d’applications opérationnels déjà développés

Le projet BIOMIC vise à transposer l’indicateur trophique dans un contexte de zones humides salées avec la mise en place de premiers sites pilotes sur les systèmes de baies Atlantiques et leurs marais artificiels périphériques : Marais salés Charentais, Ria de Treto (Cantabrie, Espagne), Rio Tinto (Huelva, Espagne) et baie de Faro (Portugal). Pour le contexte méditerranéen, le projet sera l’occasion d’identifier les typologies de zones humides présentes dans les systèmes lagunaires où l’indicateur apporterait une plus-value aux boites à outils déjà existantes.

Que ce soit dans les systèmes côtiers atlantiques ou méditerranéens, BIOMIC offre un cadre pour faire émerger les consortiums régionaux qui porteraient la démarche de co-construction des deux indicateurs développés dans BIOMIC. A ce titre, des premiers contacts ont été pris en partenariat avec le pôle-relais lagunes avec des acteurs de gestion de l’étang de La palme, l’étang de Thau, et de l’étang de Vic/site des salines de Villeneuve, ainsi que des acteurs de la recherche travaillant sur le littoral méditerranéen.

Un outil de bioindicateur microbien sur le compartiment sédimentaire en émergence

En complémentarité de l’indicateur trophique, un bioindicateur microbien permettant de qualifier les grandes fonctions assurées par le compartiment sédimentaire dans les grands cycles des nutriments et du carbone mais aussi la capacité d’épuration de micropolluants va être testé dans le cadre de BIOMIC.

Afin d’orienter l’émergence d’un premier prototype d’outil qui sera testé sur des sites pilotes, une étude biogéographique de caractérisation des communautés microbiennes des sédiments côtiers a été réalisée sur une large variété de milieux, couvrant les problématiques de gestion du littoral atlantique et méditerranéen.

Parmi les 53 sites échantillonnés sur le littoral de l’espace Sudoe, 7 prélèvements ont été réalisés en 2021 sur les lagunes méditerranéennes (Etang de Thau, Etang de Vic et Etang de la Palme). Cette démarche sera l’occasion de replacer les résultats obtenus dans le contexte méditerranéen en perspective de la variété des situations observées à l’échelle de l’espace SUDOE. Ces éléments feront l’objet en 2022 d’une restitution spécifique auprès du territoire.

Perspectives 2023

Le colloque de restitution de fin de programme sera un rendez-vous stratégique du projet puisqu’il sera l’occasion, sur la base des expériences locales, d’encourager les territoires potentiellement concernés de la frange atlantique de poursuivre le déploiement opérationnel de l’outil et d’engager éventuellement une nouvelle phase développement sur la côte méditerranéenne. Aussi, parallèlement au travail et scientifique et opérationnel réalisé sur les sites pilotes, l’identification et la mise en réseau des acteurs cibles sera mené tout au long du projet.