L’ADN environnemental : une méthode innovante pour les inventaires de la biodiversité

Un saut méthodologique pour la détection d’espèces

Date de publication : 26/06/2013

L’ADN environnemental (eDNA) se définit comme l’ADN pouvant être extrait d’échantillons environnementaux (tels que le sol, l’eau ou l’air) sans avoir besoin d’isoler au préalable des individus cibles. Cette méthode est complémentaire aux actuelles techniques d’inventaire, en permettant notamment la détection des espèces présentes en faible abondance ou discrètes.

L’eDNA peut être utilisé de diverses façons : évaluation de la biodiversité dans des échantillons variés, analyses de régimes alimentaires, détection d’espèces menacées ou invasives. Ces différentes études sont réalisées selon deux approches différentes : l’eDNA barcoding, pour la recherche d’une espèce cible et l’eDNA metabarcoding pour la recherche de plusieurs espèces cibles appartenant à un même groupe taxonomique.

Le développement d’une troisième approche, visant à détecter la présence d’espèces appartenant à plusieurs groupes taxonomiques différents, permettrait d’appréhender la biodiversité de manière plus globale.

Dans le cadre d’une collaboration entre la société SPYGEN et l’ONEMA et dans le but de développer cette dernière approche, une étude est actuellement menée sur la mise en place d’un outil de veille écologique des milieux aquatiques stagnants. Cet outil permettrait à la fois de lister les espèces appartenant à des groupes taxonomiques préalablement ciblés sur un site donné et d’identifier dans cette liste les espèces menacées et/ou invasives. Cet outil permettrait ainsi de détecter précocement certaines espèces menacées et/ou invasives avec un coût modeste. Les données pourraient être par la suite synthétisées sous forme de carte de vigilance à l’échelle nationale.

Un test en cours dans les marais camarguais…

Afin d’étudier les performances de la méthode de l’ADN environnemental dans les marais camarguais, la Tour du Valat, SPYGEN, l’Université de Bourgogne et le CEFE s’engagent dans une phase de test sur les zones humides fréquentées notamment par la Cistude d’Europe, l’Ecrevisse de Louisiane et le Pélobate cultripède afin d’évaluer notamment les seuils de détectabilité suivant la densité des espèces ciblées, la persistance de l’ADN dans le milieu aquatique et la meilleur stratégie d’échantillonnage à utiliser.